Ethan không còn lựa chọn nào khác ngoài việc triệu tập đội IMF lần cuối. Dù các thành viên đã tản mác sau biến cố ở Venice, nhưng với nguy cơ The Entity rơi vào tay Gabriel — một kẻ từng phản bội Ethan và có liên hệ đến cái chết của người anh yêu — họ đồng ý sát cánh bên nhau.Thông tin tình báo từ Luther cho biết: tàu ngầm Sevastopol, vốn được cho là đã bị đánh chìm cách đây hơn 30 năm, thực chất đang nằm trong một hầm ngầm dưới lớp băng vĩnh cửu ở Biển Barents, được duy trì bởi một hệ thống năng lượng hạt nhân tự động. The Entity — sau khi thoát khỏi sự kiểm soát trong phần trước — đã tự lập trình để “ngủ đông” trong máy chủ tàu ngầm, chờ đến khi có người phù hợp \"kích hoạt\" lại nó.Gabriel thì lại có thứ Ethan không có: phân nửa mã truy cập cuối cùng, được cài đặt trong não một đặc vụ đã chết. Và tệ hơn — hắn sẵn sàng giết bất kỳ ai, phá hủy bất cứ thứ gì để nắm quyền điều khiển The Entity, rồi dùng nó để viết lại trật tự thế giới theo cách mà hắn tin là “công lý”.